Existem no mercado diversos modelos de filtros anaeróbios, mas para facilitar o entendimento vamos falar do mais comum. Normalmente o esgoto negro (proveniente dos vasos sanitários) é lançado em uma fossa séptica que é responsável por separar os resíduos sólidos dos líquidos, que por sua vez são direcionados para o filtro anaeróbio, onde bactérias anaeróbicas decompõem os resíduos orgânicos poluentes. A água tratada pelo filtro anaeróbio pode então ser destinada à rede pública de esgoto ou, na ausência da mesma, deve ser destinada a um terceiro poço chamado de sumidouro, onde essa água é absorvida pelo solo. Por isso, também é uma boa prática instalar um dreno auxiliar no sumidouro, pois em dias muito chuvosos o solo pode ficar encharcado por dias, o que pode fazer com que o sumidouro perca sua eficiência até a secagem do mesmo.
